Le CE3S intervient dans les grands domaines suivants :
- La prévention et la gestion des conflits sous toutes leurs formes et manifestations au travers des études du terrain, des formations et de la communication. Le centre travaille aussi sur des solutions endogènes en matière de réinsertion socio-économique des couches vulnérables;
- La production, l’édition et la diffusion de connaissances sur l’islam, le genre, la paix et les conflits;
- Le renforcement des capacités et la sensibilisation d’acteurs de la société civile, de religieux, de politiques et notamment les organisations de femmes et de jeunes;
- La promotion de la pluralité des civilisations, croyances et idéologies.
- La gouvernance démocratique et inclusive : Le CE3S mène des réflexions sur la gouvernance, les conflits, les élections, et les violences pouvant en résulter.